Naja, ab PHP 4.2 gibt es dafür einen Parameter in der mysql_connect-Funktion:
PHP: mysql_connect - Manual
Hier kann man mit dem Parameter $neue_Verbindung festlegen, das in jedem Fall eine neue Verbindung aufgebaut wird. Du müßtest den Code in den Ergebnis-Dateien entsprechend anpassen.
Gruß
Ingo